Diagnostic des infections virales

Depuis le début de la pandémie, des termes comme « PCR », « test antigénique », « test sérologique », « test d’anticorps », « test immunologique » et bien d’autres encore ont intégré notre langage quotidien. Ils apparaissent chaque jour dans les médias et dans nos conversations les plus banales. Aujourd’hui, nous allons nous intéresser à certaines techniques utilisées dans le diagnostic des infections virales en général ainsi que pour évaluer l’état du système immunitaire.

Tout commence…   

Lorsqu’un virus, présent dans notre environnement et avec lequel nous cohabitons, pénètre dans notre organisme, nous infecte. En fonction du virus et de l’état immunitaire de l’hôte, il peut entraîner une infection aiguë, avec des symptômes légers, modérés ou plus graves, persister dans l’organisme en entraînant une infection chronique et même se réactiver en cas d’affaiblissement des défenses. De plus, dans certains cas, il peut favoriser l’apparition ou la persistance de certaines maladies. Les virus les plus courants (rhume, grippe, gastro-entérite, etc.) nous freinent en général dans nos activités quotidiennes en déclenchant des symptômes tels que des douleurs musculaires, de la fatigue, une toux, une diarrhée, de la fièvre… Ces symptômes s’observent également dans la maladie à coronavirus qui nous frappe actuellement.

Lorsqu’il suspecte une infection virale, le professionnel de santé peut demander diverses analyses pour déterminer quel virus en est responsable et/ou étudier les capacités de réponse du système immunitaire de la personne malade.

Analyses démontrant la présence d’un virus

1. Analyses directes. Ces techniques démontrent l’existence d’un composant viral.

• PCR (réaction en chaîne par polymérase). Il s’agit d’un test fiable et sensible. À l’heure actuelle, c’est celui qui est privilégié pour diagnostiquer l’infection par le SRAS-CoV-2. Il consiste à s’appuyer sur les capacités des polimérases, des enzymes qui peuvent amplifier/répliquer l’ADN, pour fabriquer de nombreuses copies du matériel génétique viral à partir d’échantillons très petits jusqu’à obtenir une quantité détectable. Cette technique donne un résultat positif en présence du virus ou de fragments de celui-ci, mais ce virus peut être non viable ou non infectieux, et donc non contagieux. Certaines PCR permettent également d’obtenir des informations sur la charge virale (PCR quantitative ou QPCR). Pour amplifier le matériel génétique ARN, comme dans le cas du virus responsable de la COVID-19, on utilise une autre variante de la PCR appelée RT-PCR, qui permet de transformer d’abord l’ARN en ADN via un processus appelé « transcription inverse » avant d’en faire des copies.
• Test antigénique. Il consiste à détecter certaines protéines (des antigènes) présentes à la surface du virus. Ce test est plus rapide et moins cher que la PCR. Dans le cas de la pandémie de la COVID-19 que nous sommes en train de traverser, il est utilisé principalement lors des ciblages de population afin de diagnostiquer et d’isoler rapidement les personnes positives. Son efficacité est d’environ 95% s’il est réalisé pendant les premiers jours de l’infection. En cas de résultat négatif et selon la situation, le médecin peut décider de réaliser un test PCR pour confirmer le diagnostic.

La PCR comme le test antigénique sont réalisés avec des échantillons de sécrétions nasales ou pharyngées obtenues grâce à un écouvillon.

2. Analyse indirecte. Cette technique vise à démontrer la présence d’un composant immunitaire (en général des anticorps) en réponse à la présence d’un virus. Pour réaliser cette analyse, on utilise un prélèvement de sang ou de sérum sanguin, d’où son autre nom de « sérologie ». En interprétant correctement les taux des différents anticorps, on obtient des informations sur l’évolution de l’infection, son stade de progression, le fait qu’elle soit ou non maîtrisée par le système immunitaire, la possibilité qu’il s’agisse d’une réactivation d’une infection plus ancienne, etc. Ce type d’analyse est utilisé pour de très nombreux virus : Epstein-Barr, cytomégalovirus, herpès, varicelle-zona, hépatite, papillomavirus, coronavirus, etc.

Analyses évaluant l’état du système immunitaire

En voici quelques exemples : 

1. L’hémogramme. Il permet d’extraire des informations générales sur l’état des composants du système immunitaire, par exemple les leucocytes. Des taux situés au-dessus ou en-dessous des valeurs de référence peuvent indiquer que le système immunitaire lutte contre un pathogène ou est affaibli par un facteur quelconque. De plus, une évaluation des sous-populations leucocytaires (neutrophiles, lymphocytes, monocytes, éosinophiles, basophiles) peut nous orienter de manière plus précise vers la pathologie qui affecte l’immunité. 
2. Le profil inflammatoire. À partir d’un prélèvement sanguin, on analyse divers paramètres (enzymes hépatiques, ferritine, protéine C réactive, interleukine 6, etc.) qui nous indiquent le degré d’inflammation du patient et le pronostic ou les possibilités de complications qui en découlent.
3. Le typage lymphocytaire. Cet outil permet de vérifier l’état du système immunitaire, et plus concrètement de l’immunité adaptative cellulaire, à un moment précis, et de déterminer par conséquent sa capacité à faire face à différents agresseurs.  On peut aussi savoir s’il travaille de manière équilibrée ou si le patient se trouve dans un état d’hyper ou d’hyporéactivité, auquel cas le médecin pourra envisager de soutenir ou de réguler l’action du système immunitaire pour améliorer ses capacités de réponse. 

Une fois que l’on dispose des informations données par ces différents outils, on peut mettre en place une stratégie thérapeutique précise pour aider le système immunitaire à lutter contre le virus. Les professionnels qui travaillent avec la micro-immunothérapie utilisent en général ces outils pour évaluer l’état immunitaire de leurs patients et mettre en place des stratégies thérapeutiques adaptées à leurs besoins. 

Bibliographie

1. Zheng T. A Rapid Blood Test To Determine the Active Status and Duration of Acute Viral Infection. ACS Infect Dis. 2017 Nov 10;3(11):866-873. 
2. Sokolowska M. Immunology of COVID-19: Mechanisms, clinical outcome, diagnostics, and perspectives-A report of the European Academy of Allergy and Clinical Immunology (EAACI). Allergy. 2020 Oct;75(10):2445-2476.